La lagune de Óbidos est le système de lagune côtière le plus étendu de la côte portugaise. Il a une superficie totale d'environ 6,9 km2 et une profondeur moyenne de deux mètres, avec des niveaux allant d'un demi-mètre à cinq mètres.
Il s'étend en amont essentiellement par deux canaux, à l'ouest par le bras du Bom Sucesso, et à l'est par le bras de la Barrosa.

La lagune de Óbidos fait frontière terrestre avec la municipalité de Caldas da Rainha au nord (paroisses de Foz do Arelho et Nadadouro) et la municipalité de Óbidos au sud (paroisses de Vau et Santa Maria). Sur le côté sud se trouve Poça do Vau et sur le côté ouest, elle est reliée à Poça das Ferrarias. Elle a une longueur maximale de 6 km et une largeur qui oscille entre 1 et 1,5 km, avec une orientation préférentielle NW-SW.

En tant que système de lagune côtière, elle possède une valeur élevée en raison de ses caractéristiques productives, notamment en termes de biodiversité des écosystèmes et de la faune et des espèces floristiques, mais aussi d'avifaune (où l'on peut observer les mouvements migratoires de plusieurs oiseaux).

La Lagune communique avec l'océan à travers une sorte de canal,ouvert aux marées («Aberta» dans la toponymie locale) entretenu artificiellement, qui assure l'échange d'eau et de sédiments entre les espaces lagunaire et océanique.

De toute la zone environnante de la Lagune, le Bras da Barrosa est sans aucun doute le lieu de la plus haute importance d'un point de vue écologique, car il est important pour plusieurs groupes biologiques différents, il possède l'un des rares endroits de bois et d'arbustes qui existent encore à la Lagune, ainsi que certaines zones de vase avec une végétation relativement bien préservée, qui définit de bonnes conditions pour l'avifaune et est également importante pour l'ichtyofaune, fournissant des conditions satisfaisantes pour la fonction de nursery.